饲料所依托国家畜禽水产微生物种质资源库、国家饲料工程技术研究中心、农业农村部饲料生物技术重点实验室、农业农村部动物产品质量安全饲料源性因子风险评估实验室(北京 )、饲料产业技术创新战略联盟等平台,在国内与中国科学院水生生物研究所、广东省农业科学院、西藏自治区农牧科学院等科研院所,中国农业大学、西北农林科技大学、四川农业大学、山东农业大学、中山大学、上海海洋大学、中国海洋大学等高校联合开展科技协同创新、人才联合培养、国际合作交流、产业服务、政策研究、平台共建等工作。同时与本行业国际先进的科研机构积极开展合作,与美国、加拿大、挪威、日本、德国、丹麦、意大利、比利时等国的学术机构建立了稳固的合作关系;承担了科技部重大国际合作项目;执行了多项政府间科技合作项目;利用自身优势,已成为跨国企业技术本地化和委托研究的重要基地。